明末流寇第二大势力张献忠占据了四川，崇祯十七年（公元1644年）在成都称“大西皇帝”。
次年，明军反攻，张献忠竟然以招“特科”取士的名义，下令在成都大慈寺屠杀了五千名士子。随后张献忠更是大开杀戒，在张献忠军中有两位被俘获的耶稣会传教士利类思，意大利西西里人，安文思，葡萄牙人，著名航海家麦哲伦的后代，被张献忠封为“天学国师”的西方传教士他们亲眼目睹了成都大屠杀：
此时，被拘百姓无数，集于南门外沙坝桥外，一见献忠到来，众皆跪伏地下，云：“大王万岁，大王为我等之王，我等为大王之民。我等未犯国法，何故杀耶？我等无兵器，非兵非敌，乃守法良民，乞大王救命，赦我等无辜小民。”云云。张献忠随即纵马跃入人中，任马乱跳乱踢，并高声狂吼：“该杀该死之反叛！”随令众将士急速动刑，冤乎痛哉！无罪百姓齐遭惨杀，息静无声……锦绣蓉城，顿成旷野，无人居住，一片荒凉惨像，非笔舌所能形容。
传教士的记录与明末清初众多不同来源非常一致，有的还根据亲身见闻叙述，如《五马先生纪年》等，连非常认同农民军的顾诚也认同其真实性，并在著作《明末农民战争史》中引用，近来竟然有网络史学一概认为是伪造，真是洗地心切而不顾事实。
张献忠杀光了成都民众，又放火焚毁了全城，于1646年7月率军北上抵抗清军。就在张献忠北上两个月后，明朝参将杨展率军进入成都。杨展见成都空无可守，随即撤离成都，退守嘉定。
靖远大将军和硕肃亲王豪格帅师于顺治三年十一月二十六日至南部。侦得逆贼张献忠、列营西充县境，清军一昼夜疾行三百里，于二十七日（公元1647年1月2日）黎明抵西充凤凰山。张献忠尽率马步贼兵拒师。鳌拜等奋击，大破之。斩献忠于阵……破贼营一百三十余处，斩首数万级。
传教士利类思、安文思有更详细生动的记录：
时在西历1647年一月三日，二位司铎到皇营欲见献忠……献忠闻警，不问详细，是否果系满兵马队，随即骑马出营。未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外别无他物，同小卒七八名，并太监一人，奔出营外探听满兵虚实。至一小岗上，正探看之际，突然一箭飞来，正中献忠肩下，由左旁射入，直透其心，顿时倒地，鲜血长流。献忠在血上乱滚，痛极而亡。太监见献忠已亡，先奔回大营，高声叫道：大王已被射死！声震各营，一时大乱。各营军队不击自散，各奔一方，各逃性命。
因为两位传教士认识在北京的同行汤若望，而汤若望又是豪格的熟人，顺治皇帝的导师，所以被清军带往北京，我们才能看到这本《圣教入川记》，但这本书一直到20世纪初才被发现并译成中文公开，所以那些认为这本书是为了讨好清朝官方的说法可以休矣。
不仅如此，当时正在中国的意大利传教士卫匡国（Martino Martini）也引用了利类思、安文思记录的四川大屠杀，这本记载了大量清军暴行的《鞑靼战纪》于1654年在欧洲安特卫普出版，清宣部的手再长也够不着。
这两位传教士后来在北京还结识了一系列我将要讲到的著名人物：顺治皇帝的导师汤若望，成了佟图赖的家奴，佟图赖有两个著名的儿子：佟国纲、佟国维，一个孙子：隆科多，当然还有一个著名的外孙：康熙皇帝，都是他们的熟人；郑成功的父亲郑芝龙还资助过这两位；肃亲王豪格家人和佟家捐款，两位建造了王府井的东堂。
清初西充人李昭志《西充凤凰山诛张献忠纪》中记载了这位神射手的名字：“是时，贼将刘进忠已降大清肃藩，导之讨贼。贼营人马不戒，刀无备。初有言大兵至者，逆献怒曰: '摇黄贼耳! ' 即杀言者。大兵将近，复报献。 献又杀之。大兵已压贼营，献不披甲，衣常服、加飞蟒半臂，率牙将出现，与大兵隔太阳溪。刘进忠指曰： 此即张献忠。大兵中南伊马喇射穿逆左乳下，仆马而毙。”
两者记录完全一致，而且极具画面感，可见这位杀人混世魔王死得非常荒唐滑稽。
……
但更悲剧荒唐的是，已经建立近三百年，曾经非常强大的明朝竟然有一半毁于这两位要胆略没胆略，要战略没战略，目光短浅，战术指挥水平低下的流寇之手，真是令人哭笑不得，反衬出明朝得有多么窘迫无能，犯了两线作战的重大战略失误，竟然经年累月耗费了天量的物力无法消灭流寇。
顺治三年（1646年）十二月，清朝派遣参将赵荣贵第一次杀入成都，然而让清军没想到的是，这片名声在外的天府之国，不仅“千里无烟，无所设施”，并且还“尸骸遍野，荆棘塞途”，曾经的亭台楼阁里也只有“狐兔蓬蒿”如此惨状，竟让所有原本士气高涨、斗志昂扬来到成都的清军全体撒腿就跑，理由只有一句：“如此死城，不能守也”！
由于富庶的成都平原已经成了无人区，清军也无法占领，只是占据川北地区，与川南、川东的明军拉锯了13年，直至顺治十六年才最终占领四川，进城后发现成都“城中草木蔽寒，麋鹿豺虎，纵横民舍，中官栖于城楼，兵则射猎于城内，蜀王府野兽聚集，二、三年捕获未尽”，以前繁华的锦官城已经变成了野生动物园。
前面提到了隆武元年，这是怎么回事呢？原来在崇祯皇帝殉国后，一位明朝新的皇帝在南京即位，明朝并没有灭亡，明清战争仍然还在持续。